Program Doktor Muda mula dilaksanakan pada tahun 1989 di Sekolah Kebangsaan Sri Biram, Pekan, Pahang. Bermula dari sini, program ini telah berkembang dari tahun ke tahun dengan bertambahnya bilangan sekolah yang melaksanakannya.
Program ini kemudiannya bertapak di negeri Kelantan apabila Sekolah
Kebangsaan Tanah Merah 1 mula melaksanakannya pada tahun 1991.
Pada tahun 2000. Bahagian Pendidikan Kesihatan, Kementerian Kesihatan
Malaysia telah menjadikan Program Doktor Muda ini sebagai salah satu program
promosi kesihatan yang diterajui di peringkat kebangsaan. Perancangan,
penyelarasan dan pelaksanaan program ini ke seluruh negara dilaksanakan secara
bersama dengan Bahagian Sekolah, Kementerian Pelajaran Malaysia.
Sehingga tahun 2004, hanya negeri-negeri Pahang, Kelantan, Terengganu,
Melaka, Kedah dan Selangor melaksanakan program doktor muda di sekolah rendah. Sebanyak 347 buah
sekolah rendah di negeri-negeri berkenaan terlibat melaksanakan program doktor
muda.
Walau bagaimanapun, bermula tahun 2006, semua negeri termasuk Wilayah
Persekutuan Kuala Lumpur telah melaksanakan program doktor muda dengan
melibatkan sebanyak 735 buah sekolah.
Pada Mei 2006, Kementerian Pelajaran Malaysia telah menjadikan program
Doktor Muda sebagai salah satu aktiviti kokurikulum di sekolah rendah dan
dikenali sebagai Kelab Doktor Muda.
Penerimaan Program Doktor Muda sebagai aktiviti kokurikulum merupakan satu
pengiktirafan Kementerian Pelajaran Malaysia kepada program ini, yang
sememangnya telah terbukti membawa faedah dan kebaikan kepada murid sekolah.
Pada Disember 2007, sejumlah 826 buah sekolah telah melaksanakan program
Doktor Muda dengan penglibatan seramai 21,907 orang Doktor Muda.
